Si reparo los permisos dos veces seguidas, sin iniciar ninguna aplicación o proceso mientras hago esto, los resultados son casi los mismos:
¿Por qué es que la segunda vez, los problemas parecen encontrarse nuevamente?
Los errores con Safari se deben a que -rwxr-xr-x debe ser lrwxr-xr-x donde l indica un enlace simbólico. No estoy seguro de cómo esto es algo para "arreglar" desde el punto de vista de los permisos, ya sea que algo es un enlace simbólico o no lo es. Los permisos de reparación se han eliminado en El Capitán, por lo que es probable que se pase por alto su compatibilidad con versiones actualizadas de Safari.
El error acerca de InstalledPrinters.plist parece una discrepancia de permisos normal y no sé por qué no se reparó. Los demonios de la impresora pueden estar reiniciando esto.
Es normal que se muestre el error ARDAgent, ya que Apple incluye el error en esta lista de mensajes para ignorar .
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