Acabo de cambiar a Sierra - 10.12.4
Algunas aplicaciones (por ejemplo, Aquamacs, Moneywell) en el Dock cuando las inicias no reciben una marca que indique que se están ejecutando, pero crean un nuevo icono que representa la instancia en ejecución. Este icono parece tener como su aplicación una bajo / private / var / folder pero con el nombre de aplicación correcto no es uno en / Aplicaciones
¿Por qué sucede esto y cómo puedo hacer que las versiones anteriores de OSX funcionen?
El problema es causado por Gatekeeper. Utiliza la "aleatorización de ruta" para ejecutar aplicaciones, hasta que el usuario mueve la aplicación en su destino final (/ Aplicaciones, por ejemplo). Esto hace que la aplicación se ejecute desde /private/var/.. y Dock trata esto como una nueva aplicación.
Para eliminar el atributo de cuarentena, ejecute (elimina de forma recursiva com.apple.quarantine):
sudo xattr -dr com.apple.quarantine /Application/SomeApp.app
La recursión (la marca -r) puede ser necesaria para las aplicaciones que contienen ayudantes.
Para listar los atributos actuales de una aplicación, ejecute:
sudo xattr /Application/SomeApp.app
o
ls -l@d /Application/SomeApp.app
Fuentes: