En algunos casos, es el propio sitio web que le dice al navegador que no guarde las contraseñas. Hay varias formas en que un programador web puede implementar esto y varias formas de evitarlo.
Solía usar un pequeño "bookmarklet" de JavaScript que intentaba desactivar cualquier JavaScript en un sitio web que indicaba al navegador que no guardara la contraseña. Funcionó alrededor de un cuarto del tiempo. Apenas vale la pena.
Más recientemente, me mudé a un administrador de contraseñas de terceros (1Password) que guardará la contraseña de cualquier sitio web.
La edición de un archivo de preferencias es un asunto "manual" y molesto, pero es posible (vale la pena verlo si es posible), dependiendo de qué tan geek quieras obtener. Y vale la pena verificar las preferencias que indican no recordar una contraseña para un sitio específico en Keychain o Safari. Pero mi apuesta es en un sitio web que le dice a su navegador que no recuerde las contraseñas.