La forma más fácil (aunque un poco larga) de hacer esto es crear un servicio personalizado, así:
Crea un nuevo servicio de Automator. No tome ninguna entrada en Mail y ponga el siguiente código en una acción "Ejecutar JavaScript":
mail = Application('Mail')
mail.includeStandardAdditions = true
for (i in mail.selection()) {
mail.selection()[i].delete()
}
Guarda el servicio. A continuación, vaya a Preferencias del sistema > Teclado, seleccione Atajos en la parte superior y seleccione Servicios en la barra lateral. Desplácese hasta la parte inferior donde dice "General" y debería ver su Servicio allí. Asígnele un atajo de teclado. Este acceso directo (siempre que no entre en conflicto con ningún acceso directo existente) le permitirá eliminar un mensaje de correo seleccionado sin seleccionar la siguiente conversación.