No hay respuestas realmente fáciles a esto. Dependerá de cosas como la cantidad de memoria que tenga su sistema, qué aplicaciones tienen, qué tan bien están escritas, etc.
Por ejemplo, si tiene una pequeña cantidad de memoria y la comprobación del Monitor de actividad muestra que hay poca memoria disponible o mucho espacio de intercambio en uso. Entonces probablemente querrá asegurarse de que las aplicaciones se cierren para que haya más memoria disponible. Además de lo confuso de esto, está el hecho de que, aunque salga de una aplicación, OS X no la elimina de la memoria hasta que necesita espacio para otra cosa. Esta es la razón por la que abandonar y volver a abrir una aplicación es más rápido que la primera vez que la inició. Si la aplicación aún está en la memoria, OS X solo tiene que iniciarla de nuevo. Por supuesto, en una situación de falta de memoria, OS X elimina automáticamente las aplicaciones de la memoria que se han cerrado para que la memoria pueda estar disponible para otra cosa.
Las aplicaciones para las que ha cerrado todas las ventanas, pero no se han cerrado, pueden afectar al sistema. Depende de lo que hagan. Así que la memoria, la CPU, la batería pueden ser consumidas. Una vez más, Activity Monitor es tu amigo para determinar si alguna de tus aplicaciones está causando problemas.
En términos generales, si tiene suficiente memoria y sus aplicaciones se comportan bien en términos de chupar la batería, entonces no importa si abandona o cierra. Afortunadamente, las aplicaciones de OS X generalmente se comportan bastante bien.