Me pregunto qué pasa realmente cuando mi SSD externa (con Windows
instalado en él usando Bootcamp = Windows To Go) se desconecta mientras
siendo arrancado a Windows.
Lo que sucede es exactamente lo mismo si desconecta una unidad interna durante el arranque: potencialmente corrompe los archivos de su sistema al bloquear ese volumen de arranque.
Ya que tienes una unidad interna desde la que no hiciste , no se verá afectado.
La curiosidad (curiosidad) es buena. Configura una prueba (no lo hagas con datos en vivo o una máquina de la que dependas) y prueba tu escenario.