Eche un vistazo a Max . Freeware y código abierto. Tiene una interfaz gráfica de usuario.
Soy un fan de XLD y, desde que se planteó la pregunta original, ganó el arrastre y caiga las capacidades de carpeta que la persona que hace la pregunta como después. No es necesario instalar Growl para que funcione. También maneja imágenes incrustadas en archivos FLAC cuando realiza la conversión y las mantendrá en los archivos de salida de ALAC.
También puedes usar ffmpeg:
for f in *.flac; do ffmpeg -i "$f" -c:a alac "${f%flac}m4a"; done
find . -name \*.flac | parallel ffmpeg -i {} -c:a alac {.}.m4a
Conserva etiquetas comunes, pero actualmente no conserva las ilustraciones.