El problema parece ocurrir después de actualizar a macOS Sierra.
Después de la actualización, la posición de los iconos de la bandeja cambió (de lo que había sido antes de la actualización). El redirigirlos funciona, pero se restablecen a esta posición determinada si se reinicia el sistema. Esto no parecía suceder antes de actualizar a Sierra. (O eso o los íconos siempre se colocan en la posición que quería cada vez que instalo nuevas aplicaciones, lo cual es poco probable)
¿Hay alguna manera de hacer que las posiciones del icono de la bandeja persistan al reiniciar?
Tengo Bartender 2 instalado, pero no creo que esté causando el problema.