La función incorporada "Borrar todo el contenido y la configuración" (que se encuentra en la aplicación Configuración, en General → Reiniciar) debería ser suficiente en prácticamente todos los casos.
El iPhone 3GS y los iPhones posteriores, los iPod Touches de tercera generación y posteriores y todos los iPads utilizan cifrado de hardware, donde todos los datos se almacenan cifrados en su memoria flash. En estos dispositivos, la función de borrado simplemente elimina la clave de cifrado, lo que hace que los datos no sean mucho más útiles que el ruido aleatorio. En dispositivos sin cifrado de hardware, la función de limpieza sobrescribe la partición de usuario completa con unos. Esto es más seguro con la memoria flash que hacer lo mismo en un disco duro (donde se puede detectar algún campo magnético residual de los datos anteriores, aunque las posibilidades de que eso ocurra son muy bajas ): en teoría es posible que alguien pueda recuperar algunos datos, pero sería prohibitivamente costoso y consumiría mucho tiempo.
A menos que esté guardando datos extremadamente confidenciales (es decir, secretos de estado o evidencia de una conspiración criminal masiva), no me preocuparía por eso una vez que se borre.
Fuente: Artículo de Apple HT2110 - iOS: Entendiendo 'Borrar todo el contenido y la configuración'