~ (tilde) se expande al valor de la variable HOME que se establece mediante el proceso login o al valor establecido en uno de los archivos de configuración de su shell.
Desde las páginas del manual:
INICIO : el directorio de inicio del usuario actual; el argumento predeterminado para el comando cd builtin. El valor de esta variable también se utiliza al realizar la expansión de tilde.
Expansión de tilde : si una palabra comienza con un carácter de tilde sin comillas ('~'), todos los caracteres que preceden a la primera barra sin comillas (o todos los caracteres, si no hay una barra sin comillas) son considerado un tilde-prefix . Si no se cita ninguno de los caracteres en el prefijo de tilde, los caracteres en el prefijo de tilde después de la tilde se tratan como un posible nombre de inicio de sesión . Si este nombre de inicio de sesión es una cadena nula, la tilde se reemplaza con el valor del parámetro de shell INICIO . Si INICIO no está configurado, se sustituye el directorio de inicio del usuario que ejecuta el shell. De lo contrario, el prefijo tilde se reemplaza con el directorio de inicio asociado con el nombre de inicio de sesión especificado.
En su caso (suponiendo que no haya cambiado HOME ), al utilizar ~/bin , ~/usr , ~/local los está expandiendo a /Users/myname/bin , /Users/myname/usr , /Users/myname/local .
Si lo que quieres está en la carpeta raíz de tu sistema, no pongas el ~ (deja solo / en la parte delantera).
Referencias: página de manual de bash / man bash