Gran pregunta. Esta fue una de mis primeras confusiones sobre el Finder al cambiar a Mac. Esto es lo que pienso:
En otros sistemas operativos, el menú del programa se encuentra en la ventana de la aplicación activa. Como tal, cada ventana es, en esencia, una instancia completa del programa. (No hay tanta integración con Windows Explorer, como con Finder en Mac OS. Es una pequeña diferencia, pero realmente altera la experiencia del usuario. (Mi prueba es el hecho de que está haciendo esta pregunta.)
Por el contrario, en Mac OS X, la barra de menú en el Finder es donde van todos los menús de las aplicaciones. Todos los programas en ejecución están vinculados al Finder de una manera diferente a la de otros sistemas operativos. En Mac, un programa puede tener ventanas auxiliares y similares. En otros sistemas operativos, generalmente tiene "paneles" similares en su propia ventana.
Además, recuerda que los botones amarillo y verde solo afectan la ventana en la que están, por lo que parece extraño agrupar un control que afecte a toda la aplicación con dos que solo afecten a una ventana. Por lo tanto, el "punto rojo" solo afecta a la ventana activa.
Una excepción notable es la Mac App Store. En ese caso, eres cien por ciento correcto. Al hacer clic en el punto rojo se cierra toda la aplicación. ¿Te das cuenta de que la App Store no tiene menús o paneles auxiliares? Cerrar esa ventana significa que estás saliendo de la aplicación.